La Grotta Biagi si apre sul lato est di una ripidissima dolina. Una decina di metri più sotto, sul fondo di questa, si apre invece l’Inghiottitoio a ovest di Villa Vezzati.
A pochi metri dall’ingresso il ramo principale ne incrocia uno secondario dando origine a un pozzo a campana che scende fino a una saletta. Il ramo secondario sale verso il centro della dolina della Grotta Brussi, ma è chiuso da detriti a pochi metri dalla superficie. Dopo il pozzo, un meandro e un successivo laminatoio conducono al ramo attivo. Il torrente proviene infatti da sud-ovest lungo un meandro che si può percorrere per alcuni metri. Fino agli anni Sessanta del secolo scorso questo ramo costituiva un secondo ingresso della Grotta Biagi. Esso si apriva nel fondo della valle cieca, pochi metri a sud dell’ingresso del Buco II sotto Ca’ Varnello. Successivamente, in seguito ai lavori di sistemazione agricola, questo ingresso è stato completamente tamponato.
Seguendo il torrente verso valle, si entra subito nel salone di crollo che caratterizza la grotta. Gran parte di questo vasto ambiente è occupato da grossi blocchi di frana. Proseguendo ancora verso valle il torrente torna a scorrere lungo un meandro descrivendo un’ampia ansa. Pochi metri più avanti, si intercetta il punto di collegamento con la Grotta Brussi. L’ambiente di fa ora più ampio, il corso d’acqua scende a gradoni decorati da colate di calcite. All’estremità del salone si trova la congiunzione con il Buco I sotto Ca’ Varnello.